Виктор Сергеевич родился в городе Новокузнецк, Кемеровская область.
В 2001 году окончил Сибирский государственный медицинский университет по специальности «фармация». Имеет ученую степень кандидата фармацевтических наук.
Трудовую деятельность Виктор Фисенко начал после окончания университета. В течение семи лет работал в практическом здравоохранении по основной специальности. С 2008 года занимал различные должности в Федеральной службе по надзору в сфере здравоохранения в Москве. Прошел путь от ведущего специалиста-эксперта до заместителя начальника управления.
В 2013 году Виктор Сергеевич возглавил управление контроля за реализацией государственных программ в сфере здравоохранения Росздравнадзора. В январе 2019 года назначен исполняющим обязанности директора департамента здравоохранения Приморского края.
13 июня 2019 года Виктор Фисенко был назначен на новую для администрации региона должность вице-губернатора - директора департамента здравоохранения края, курирующего вопросы физической культуры и спорта.